康熙二年，康熙帝生母孝康章皇后崩。

康熙二十六年，孝庄皇后崩。至孝庄崩前，康熙帝虽晨昏定省，但与嫡母仅保持官方关系，至孝庄崩，帝后母子恸甚，孝惠后哀哭不能起，康熙帝亦割辫哀痛以表孝思，此后，母子二人遂有更进一步接触。

康熙二十八年，修建宁寿新宫，落成，康熙帝率诸王大臣请太后入居。

康熙三十五年，康熙北巡，逢太后寿，奉书称祝，太后亦遣送衣裘，康熙帝虽因河未冰不能服，仍上书表示待天寒必欢喜服之，又遣送水果干并土产至宫中，令总管太监顾问行请太后尝鲜（事见懋勤殿收康熙帝家书）。

康熙三十八年，帝南巡，奉太后同行。而后，太后六十寿、七十寿，康熙帝均亲制词赋并大礼以祝，然太后均以尚俭故，停宴饮。

康熙五十二年，太后亲妹淑惠太妃亡故；时太后老迈，发苍齿摇，心中不乐，对康熙语曰“牙齿动摇，其已脱落者，则痛止，其未脱落者，痛难忍”，康熙则对曰“太后圣寿已逾七旬，孙及曾孙殆及百余，且太后之孙，皆已须发将白而牙齿将落矣，何况祖母享如此高年。我朝先辈，常言老人牙齿脱落，于子孙有益，此正太后慈闱福泽绵长之嘉兆也”，太后闻言欢喜倍常，笑曰“皇帝此语，凡我老妪辈，皆当闻之而生欢喜也！”（事见《康熙帝家训格言》）

康熙五十六年十二月，太后病重，康熙帝亦因废太子事心力交瘁，头眩足肿不能行，仍以帕裹足至宁寿宫亲奉汤药，太后昏迷之际，康熙帝跪于床下，捧太后手呼曰“母后，臣在此”，太后闻言，张目而视，不能语，执帝手视之；丙戌，太后崩，康熙号恸欲绝，坚行割辫之礼(割辫原仅用于帝丧)以尽哀思，不亚于孝庄之亡；时有臣子迎上意，以孝康后升祔以久不宜迁动，而欲以孝惠后、孝康后神主并尊祔于庙，大学士王掞曰“陛下圣孝格天，曩时太皇太后祔庙，不以跻孝端上，今肯以孝康跻孝惠上乎？”，后康熙果斥之，令改正，以嫡母神主加于生母之上。

孝惠后崩后，雍正及乾隆年间累加谥，曰孝惠仁宪端懿慈淑恭安纯德顺天翼圣章皇后。孝惠后葬于世祖孝陵之东，曰孝东陵，世祖、孝康后、孝献后（董鄂妃）同葬于孝陵，然康熙帝仅上章字于嫡母、生母，并称章皇后，同祔大庙，孝献后则仅能于孝陵祭祀，在康熙年间不知是否因顾虑孝惠后的缘故，于孝献后生辰祭日亦未派遣使节祭陵，孝惠后亡故后，此后诸帝亦未曾见遣使独祭孝献后。